Jeśli czytnik ma podział dwukolumnowy (dzieli dokument na 4 cześci) - to nie ma problemu. Gorzej, gdy czytnik nie ma tej opcji bądź dokument ma strukturę mieszaną, np. połowa kartki to dwie kolumny a połowa jedna, a dodatkowo każda strona sformatowana jest inaczej.
W przypadku artykułów o niedużej ilości stron, bądź książek o strukturze w miarę jednolitej, można skorzystać z małego narzędzia "briss". Tyle że przy wyborze dokumentu, należy zaznaczyć jakie strony mają niejednolitą strukturę.
Kawałki jednokolumnowe (gdy będą już jako samodzielne strony) można by obrócić o 90 stopni w jakimś innym programie (może np. darmowym "pdfedit").
A tu link to "briss":
http://sourceforge.net/projects/briss/