Czy ktoś wie jak utworzyć przypis w epub, który będzie aktywny w czytniku? Mam książkę, która posiada ten bajer; niestety nie mogę dotrzeć do struktury pliku.

Jeżeli już książka ma te przypisy (chodzi Ci o hiperłącza?) to spróbuj robić w ten sposób - convert do *.PRC, a później convert z *.PRC do *.EPUB. Nie jest to sprawdzone przeze mnie (na czytniku), ale wszelkie znaki wskazują, że ten zabieg może zadziałać (na kompie w Calibre coś takiego działa).

Już wiem i to działa. Należy w Sigilu pracowicie w kodzie xhtml wpisywać linki:
<a href="Text/nazwa_pliku.xhtml#nazwa_elementu_do_laczenia" id="nazwa_elementu_biezacego">tekst</a>
W przykładowym kodzie celowo nie użyłem polskich fontów, bo ich, jak wiadomo, nie można użyć.
Do Sigila kopiujemy poprzez Ctrl+V tekst z Worda i tam dzielimy go na mniejsze pliki, wyodrębniając m.in. plik z przypisami lub ze spisem treści (w jego przypadku to działa tak samo - tylko prościej, bo zbędny jest element "id" - wystarczy odwoływać się tylko do nazw poszczególnych plików, które są przez nas podzielone np. na rozdziały i podrozdziały).

Nie wiem czy piszemy o tym samym.
Jeśli chodzi o przypisy działające pod podglądem Calibre, a w czytniku już nie, to wystarczy prosta konwersja z epub do epub w wymienionym programie.

Ostatnio przechodziłem przez ten problem u siebie i w ten sposób udało mi się go rozwiązać bez ingerowania w css pod Sigilem.