Wrzuć w calibre w zakładce Ostylowanie przed konwrsją. Prawdopodobnie polepszy wygląd wynikowego epuba, choć nie usuwa wszystkich baboli. Z tego, co pamiętam, ma problem z wyrazami kończącymi się na ł, tj. np czasowniki w męskiej odmianie. Po nich łamie sie wiersz.
Osobiście pdfy otwieram w wordzie, poprawiam formatowanie, eksportuję do rtf, a ten dodaję do calibre i z niego robię epub.