Może książka jest kiszkowato sformatowana. W takim przypadku ja robię tak, że konwertuję w calibre plik (np. EPUB) do AZW3 nadając mu justowanie (wyrównanie do lewego i prawego marginesu). A potem przepuszczam przez wtyczkę do podziału wyrazów (hyphenate this!). Wgrywam do czytnika. Wspomniany AZW3 nie przejdzie przez maila, jeśli chcesz wysyłać, to trzeba użyć jeszcze raz konwersji do MOBI z opcją zawarcia starego i nowego formatu ("both" w ustawieniach wyjściowego MOBI w calibre).
Dobrze opisał to Vroo: http://swiatczytnikow.pl/jak-podzielic- ... -lub-epub/

Czy można synchronizować czytanie pomiędzy różnymi czytnikami? Np.kobo z onyxem?

Chyba że na czytniku onyxa z androidem czytamy w aplikacji Kobo - ale to i tak ograniczone będzie do książek z Kobo Books, bo tamtejsza "chmura" nie obsługuje chyba własnych plików.