Jestem świeżym użytkownikiem Calibre i dopiero zaczynam poznawać ten program, więc wybaczcie jeśli będę pytał o coś oczywistego.
Dodając książki do bazy Calibre obserwuję, że pojawiają się one w katalogu biblioteki w specyficznie zdefiniowany sposób, który trochę mi się podoba, a trochę nie. Chodzi mi o cyfry w nawiasach, które pojawiają się w nazwie folderu z tytułem dodawanej książki (według schematu autor\tytuł (cyfra)\eboook). Domyślam się, że ta cyfra to numer kolejnej pozycji w bazie Calibre. Ciekawi mnie jednak czy da się tak skonfigurować program aby było bez tych cyfr?

Nie. Pliki muszą być spójne z bazą danych (SQLite), umożliwiając kontrolę biblioteki i ewentualne jej naprawienie - metadane są przetrzymywane zarówno w bazie danych jak i w plikach książki. A liczba to rzeczywiście ID książki w bazie danych.
Biblioteki nie należy ruszać. Jeśli chcesz dobrać się do plików książki najlepiej je zapisać do innego folderu, zmienić, a potem podmienić w bibliotece (za pomocą interfejsu, nigdy bezpośrednio w folderze!).
Sposób nadawania nazw zapisywanym książkom można dowolnie zmienić: Konfiguracja -> Zapis książki na dysku.
Warto się chwilę pobawić szablonami pól - naprawdę w calibre z książkami, tytułami, zapisami i przesyłaniem można zrobić prawie wszystko.
Miłej zabawy