Napotykam czasem na pliki CHM, których nie mogę otworzyć (to znaczy mogę, ale są tylko ze spisem treści, bez dostępu do zawartości), zwykle pomaga sposób opisany tutaj
http://www.west-wind.com/weblog/posts/2008/Dec/16/Problems-with-opening-CHM-Help-files-from-Network-or-Internet (czyli odbezpieczenie pliku w oknie właściwości)

Ale ostatnio trafiłem na pliki, które mają dość osobliwe właściwości. Mogę je otworzyć z pendrive, mogę je otworzyć z wnętrza archiwum ZIP, ale skopiowane na dysk twardy już nie.
Calibre dało radę zrobić z tego czytelny MOBI, ale Windows nie potrafi się do nich dobrać (Vista)
Antywir (avira) nic nie krzyczy nie blokuje, no zero pomysłu.

Może jakiś błąd w filesystemie dysku lub pendrive? Spróbuj wysłać je sobie na maila dodając załącznik z pendrive albo sprawdź jak działa na innym komputerze.